A tarifa base de pedágio que será cobrada no túnel Santos-Guarujá será, considerando a extensão, proporcionalmente nove vezes mais cara que a cobrada de motoristas na Ponte Rio-Niterói, obra de infraestrutura que também teve custos bilionários.
O edital de concessão do túnel estabelece base de R$ 6,15 para que se percorra 1,5 km.